в диспетчере задач можно на процессе нажать правой кнопкой, задать сходство, и выбрать поток
не знаю как сервер воспримит, то виндовывми средствами можно так сделать
также думаю что в батник запуска есть параметр устанавливающий данную переменную
--- Добавлено позже ---
start /high /affinity E прога.exe
Расшифровка ключа affinity :
1 - 1-ое
2 - 2-ое
3 - 1-ое и 2-ое
4 - 3-е
5 - 1-ое и 3-е
6 - 2-ое и 3-е
7 - 1-ое, 2-ое и 3-е
8 - 4-ое
9 - 1-ое и 4-ое
A - 2-ое и 4-ое
B - 1-ое, 2-ое и 4-ое
C - 3-е и 4-ое
D - 1-ое, 3-е и 4-ое
E - 2-ое, 3-е и 4-ое
--- Добавлено позже ---
:: для 0-го ядра
Start "" /LOW /NODE 0 /AFFINITY 0x1 my.bat
:: для 1-го ядра
Start "" /LOW /NODE 0 /AFFINITY 0x2 my.bat
:: для 2-го ядра
Start "" /LOW /NODE 0 /AFFINITY 0x4 my.bat
:: для 3-го ядра
Start "" /LOW /NODE 0 /AFFINITY 0x8 my.bat
--- Добавлено позже ---
в общем виндаводы ... пробуйте