Лет 7 назад (как раз таймштампы у файлов конфигов за апрель 2019-го) начал начал использовать несколько папок с разными папками соурсмода для серверов на винде.
В батниках запуска серверов дополнительно прописывал +sm_basepath "addons/sourcemod***" +mm_pluginsfile "addons/metamod/metaplugins***.ini" в строке запуска с созданием соответствующих конфигов.
Удобно если нужно несколько серверов с разными наборами плагинов.
Вот только у меня была папка .../cfg/sourcemod/ одна на всех.