Короче нужно в конфиге Apache2 указать путь где лежит этот Pear
выглядеть должно примерно вот так
<Directory /путь к домену/название вашего домена>
Options -ExecCGI -Includes
php_admin_value open_basedir "/сдесь как в конфиге:/usr/share/php/."
php_admin_flag engine on
</Directory>...