Если все настроено правильно, то никаких.
Обновляются заводские файлы типа csgo/cfg/gamemode_casual.cfg и /csgo/gamemodes.txt
Новички упорото пытаются настраивать именно gamemode_casual.cfg и /csgo/gamemodes.txt. Этого не нужно делать.
Все твои настройки должны быть сделаны в файлах типа /csgo/cfg/gamemode_casual_server.cfg и /csgo/gamemodes_server.txt
Не обновляются server, autoexec.
Кроме того, будут обновлены файлы с картами, типа maplist.
Чтобы их не затирало, укажи в addons/sourcemod/configs/maplists.cfg другой путь/другое название файла с картами.
Либо перед обновлением через скрипт копируй файлы в корень и потом возвращай их обратно.