Sqlite это просто бинарный файл, который, если твой диск будет занят другим процессом чтения/записи, будет тормозить, особенно при больших выборках.
Минусы - может быть наглухо залочен файл, нет буфера в памяти, возможно повреждение файла при отключении питания.
В то же время, запрос по udp на mysql никаких файловых процессов не затрагивает. Минусы - надо иметь отдельный хостинг. Потому что, если ставить mysql на том же самом сервере, нагрузка будет больше.
sqlite - если объем ничтожно мал, или если объем большой, но есть SSD
mysql - если нужно делать большие выборки и прочие запросы, не нагружая свой сервер и чтобы это был удаленный хост
Я бы поставил sqlite, потом глянул бы объемы и IO. Исходя из нагрузки, уже можно смотреть дальше.