Вообще вписывать можешь куда угодно, не имеет значения. Единственное что влияет, это когда будет загружаться конфигурация из этого файла.
И вписывать только в те файлы, которые имеют квары, а то впишешь в какой нибудь файл перевода :>
А так, есть 3 файла основных для этого.
server.cfg ( От сурс мода ), autoexec.cfg ( Вроде как стандартный файл, но иногда нужно создавать вручную ) и gamemode
Но в Gamemode есть 1 большой минус из-за чего лучше туда вообще не вписывать. Если VALVE выпустят обнову которая затронет данный файл - вся конфигурация этого файла сброситься к стандартным настройкам. Именно по этой причине я эти файлы все удаляю и использую только server.cfg для настроек сервера