Всем еще раз, доброе время суток. Прошло довольно не мало времени, хотя решение проблемы я нашел совсем недавно, хочу поделиться им, вдруг такой же, как и я неопытный, молодой и амбициозный скриптер, решит писать, что-то связанное с моделями и наткнется на те же самые подводные камни, на которые наткнулся я.
Вообщем, суть проблемы заключалась не в правильном написание кода и тп, а скорее всего в самом элементарном, но если честно я не знал и никогда не сталкивался с такого рода деятельности, и вообще удивлен, что меня забросило в такие дебри. Теперь если по факту, то я создал свои разделы для материалов и закинул их туда, куда захотелось мне, но это категорически неправильно и так не стоит делать, если вы все таки ставите модели, то сохраняйте иерархию папок и их название так, как это было дано в архиве или автором той или иной модельки.
Ну а для общего развития дополню тем, что я все таки добился своей иерархии, то бишь своих наименований папок и т.п. Для этого пришлось декомпильнуть основную модельку, то бишь .mdl и в полученном файле .qc в строке $cdmaterials изменил путь к текстуркам, для того, чтобы моделька знала, где они располагаются. Ну и в вишенка на торте стала обратная компиляция файлов и вуаля - моделька снова готова к использованию с вашей иерархий.
Могу ошибаться, но в файлах материалов, скорее всего тоже нужно было прописывать пути, но я думаю, куда лучше расскажет любой модельер, а не я со своими "гипотезами" и предположениями.
Для компиляции и декомпиляции использовал программу Crowbar.