Нужно просто сделать чтобы плагин сразу выгружался при старте сервера
Как вариант можно в autoexec.cfg прописать команду выгрузки плагина sm plugins unload pluginname.smx, тогда при смене/загрузке карты и на запуске сервера он будет отключаться, а смотреться это будет так, будто его нет вообще. А включать уже когда нужно вручную командой sm plugins load pluginname.smx, или добавив команду в меню админки или прямо через консоль
Если у тебя стоит вармод, то команду выгрузки плагина нужно добавить в конфиг on_map_load.cfg
Суть в том, что сервер при старте запускает плагин, и тут же отключает его, прочитав autoexec